Куда и как необходимо загружать файлы чтобы сайт работал?
Файлы и папки с Вашим сайтом необходимо загружать в папку domains/ваш_домен/public_html/. cgi/perl скрипты в папку domains/ваш_домен/public_html/cgi-bin/
Сделать это можно с помощью программы - фтп-клиента "FlashFxp". Для подключения к Вашему аккаунту посредством программы, необходимо перейти в раздел "Сайты" (flashfxp), затем в меню "Менеджер сайтов->Новый сайт". Далее заполняете адрес фтп, логин и пароль. После чего нажимаете "Ок" сохранив проект.
Для подключения к сайту нажимаете на кнопку справа со значком молнии. Затем увидите в списке ниже Ваш сохранённый проект, выбираете его. Справа наблюдаем Ваши файлы и папки на сервере. А слева - файлы и папки на Вашем ПК. Простым перетаскиванием с левого окна в правое Вы загрузите файлы и папки на сервер.